これまでに、文庫内の善本については『内藤文庫漢籍古刊古鈔目録』(関西大学図書館 昭和61年)で紹介し、そのほかの書籍については、目録完成までの利用の便を図るため『内藤文庫リスト』No.1~5(関西大学図書館 平成1~8年)を刊行した。
また冊子体の書籍を記載した内藤文庫の目録として、『CD-ROM版内藤文庫目録』(平成11年)があるが、本目録には国書の一部、洋装本の一部は含まれていない。全書籍および書軸については、図書館蔵書検索システム(KOALA)にて、検索していただきたい。
さらに書籍以外の講義ノート、拓本、原稿、書簡、各種関係資料等については、コレクション(前画面)の内藤文庫欄にある「内藤文庫各種資料リスト」からご覧いただける。